Pada waktu pemerintahan Akbar, Empayar Mughal mempunyai orang Hindu dan Islam. Perbezaan yang amat mendalam memisahkan kepercayaan Islam dan Hindu. Apabila Akbar memulakan pemerintahannya, kebanyakan orang terlibat di dalam Empayar Mughal adalah orang Islam. Bagaimanapun, golongan pemerintahan secara keseluruhannya terdiri daripada orang Islam. Di dalam masyarakat yang pelbagai ini, Akbar telah menggalakkan toleransi terhadap pelbagai agama. Beliau bukan sahaja mengambil orang Hindu untuk berkhidmat, malahan turut membuang segala perbezaan antara orang Islam dan bukan Islam. Beliau telah menghapuskan cukai menunaikan haji pada tahun kelapan, dan Jizyah pada tahun kesembilan pemerintahannya, sebagai menunjukkan polisi ketoleransian secara universal. Beliau juga mempunyai hubungan yang baik dengan Gereja Katolik, yang sentiasa menghantar para paderi Jesuit untuk berdebat, dan sekurang-kurangnya tiga daripada cucunya telah dibaptis sebagai Katolik (walaupun mereka menjadi Muslim pada kehidupan mereka).

Akbar telah membina satu bangunan yang bernama Ibadat Khana ataupun Rumah Ibadat (House of Worship), dimana beliau telah menggalakkan debat keagamaan. Asalnya, perdebatan ini hanya terbuka kepada orang Sunni, tetapi akibat beberapa pertelingkahan terjadi yang kelihatan tidak elok, Akbar telah menggalakkan orang Hindu, Katolik malahan golongan Ateis untuk turut menyertai perdebatan itu. Beliau cuba untuk mengusaikan perbezaan antara dua agama itu, dan mencipta satu agama baru yang dikenali sebagai Din-i-Ilahi (Agama Tuhan), yang menggabungkan kepercayaan Hindu dan Islam, dan sesetengah elemen daripada Jainisme dan Kristian. Kepercayaan ini, bagaimanapun, bukanlah untuk orang kebanyakan. Hal ini kerana, orang yang memeluk agama ini adalah golongan bangsawan atas di dalam istana Akbar. Setakat ini, para sejarawan hanya mengenalpasti 18 orang yang memeluk agama ini.

Beliau juga telah mengahwini beberapa puteri Hindu, walaupun ramai berpendapat ini hanya bermotifkan politik, bukannya untuk penyatuan agama.

Langkah beliau untuk menjauhi Islam, disambut baik oleh orang Hindu, tetapi tidak disukai oleh orang Muslim. Terdapat desas-desus yang mengatakan bahawa terdapat masjid-masjid yang ditutup dan dimusnahkan. Disamping itu, sesiapa yang mahu memasuki Harem perlu mengatakan, "Tiada tuhan melainkan Allah, dan Akbar adalah rasulnya", satu ucapan yang direka daripada Syahadah orang Islam. Apabila Akbar membuka kedai arak, dipercayai beliau juga telah menempah darah babi untuk dicampurkan dengan arak. Banyak ulama' mula memprotes langkah-langkahnya, dan Ahmad Sarhindi(digelar sebagai 'mujaddid' atau pembaharu Islam) mengatakan Akbar syirik atas perbuatannya. Dia telah ditangkap oleh Jahangir selepas menaiki takhta. Bagaimanapun, langkah Akbar untuk menyatukan kedua-dua kepercayaan ini, hanya menyebabkan hubungan antara kedua-dua menjadi lebih teruk pada akhir abad ke-16 berbanding ketika beliau mula berkuasa.